Жылқылардың отандық тұқымдарының генетикалық әртүрлілігі мен өнімділік қасиеттерін зерттеу үшін SNP толық геномды талдауын пайдалану

Abstract

Equine 80k HTS («Illumina Inc.», АҚШ) микрочиптерін пайдалану негізінде бір нуклеотидті полиморфизмдердің (SNP) отандық жылқылардың өнімділік қасиеттерімен байланысын толық геномды іздеу және генетикалық әртүрлілігін зерттеу нәтижелері келтірілген. Жылқылардың келесі тұқымдары мен типтері зерттеу нысаны болып табылды: жабы (n = 631), адай (n = 303) және найман (n = 158) типтері, мұғалжар (n = 584), көшім (n = 226) және қостанай (n = 116) тұқымдары. SNP-генотиптеудің сапасын бақылау PLINK1.9 бағдарламалық жасақтамасын қолдану арқылы жүргізілді. Деректерді өңдеу және визуалдандыру үшін PLINK1.9, R-пакет, BEAGLE, ADMIXTURE, CLUMPAK және FigTree бағдарламалары қолданылды. Сапаны бақылау және талдауға қолдану нәтижелері бойынша іріктеп алынған маркерлердің қорытынды жиынтығына 60 987 SNP кірді. Жылқылардың фенотиптік деректері бойынша ақпарат сынамаларды іріктегенге дейін жиналды, бұл ретте шоқтығының биіктігі, тұрқының қиғаш ұзындығы, кеудесінің орамы, жіліншігінің орамы және тірілей салмағы сынды көрсеткіштер есепке алынды. Жылқылардың барлық зерттелетін тұқымдары күтілетін және бақыланатын гетерозиготалықтары бойынша бір-біріне өте жақын мән көрсетті – орташа есеппен 0,3478 және 0,3443. Бақыланатын гетерозиготалық дәрежесі қазақ тұқымының адай типі және мұғалжар тұқымында 0,3402-ден көшім тұқымында 0,3514-ке дейін ауытқыды. Басты компонеттер әдісі (principal component analysis, PCA), ADMIXTURE бағдарламасы, күтілетін және бақыланатын гетерозиготалықтар (He және Ho), фиксация индексінің жұп мәндері (Fst) негізінде аталмыш зерттелетін тұқымдар арасында генетикалық өзгергіштік жоқ екені анықталды. Осылайша SNP толық геномды талдауын алғаш рет пайдалану арқылы жылқылардың отандық тұқымдарының генетикалық әртүрлілігін зерттедік. Бұл нәтижелер тұқымдардың гендік қорын терең зерттеудің және ауыл шаруашылығы өндірісінің келешегі үшін олардың мәнін бағалаудың бастамасы болып табылады. Талдау барысында дәнекер тіні мен сүйек жүйесінің, жүйке жүйесінің, иммундық жүйесінің даму және басқа үрдістерді реттеуге қатысатын гендермен тіркескен 60 полиморфизм анықталды. Атқарылған жұмыс барысында аталмыш тәсілдерді толық еномдыассоциативтік зерттеулерде жеке белгілермен байланысы бар, дара СНП детекциялау барысында қолданудың өзектілігі расталды