Ресеквенирование полного генома крупного рогатого скота казахской белоголовой породы

Abstract

В статье представлена характеристика первой полученной последовательности генома крупного рогатого скота казахской белоголовой породы в Казахстане.Целью работы было провести ресеквенирование крупного рогатого скота казахской белоголовой породы, разводимой в Республике Казахстан.Были собраны образцы цельной крови и волосяных луковиц наиболее типичных эталонных представителей казахской белоголовой породы. Для проведения полногеномного ресеквенирования выделена ДНК из образцов отобранного биоматериала с использованием коммерческих наборов «ДНК Экстран-2» (ООО «Синтол», РФ), «PureLink Genomic DNA Mini Kit» (Invitrogen, США). Качество выделенной ДНК проверяли в 1 %-ном агарозном геле. Концентрацию ДНК измеряли на спектрофотометре Agilent Cary 60. Секвенирование образцов проводилось по типу cPAS на платформе DNBSEQ-G400 в режиме парноконцевого секвенирования длиной 150 п.н. с генерацией не менее 9 ГБ данных на образец. С использованием программы BWA 0.7.17 сиквенс казахской белоголовой породы был сопоставлен с самым последним доступным эталонным геномом Bos taurus ARS-UCD2.0 (GCF_002263795.3). Всего в геноме было идентифицировано 21 742 полиморфных вариантов, из которых 20 130 составили SNP, 1 612 - делеций/инсерций, 49 мультиаллельных вариантов и 19 мультиаллельных SNP. Было рассчитано соотношение транзиций/трансверсий (Ts/Tv), которое составило 1,79. Таким образом, ресеквенирование генома казахской белоголовой породы является важным шагом для интенсификации мясного скотоводства и сохранения генофонда этой породы. Проведенная работа предоставляет собой исходные данные для дальнейших исследований с целью изучения генетических механизмов формирования основных хозяйственно-полезных признаков у крупного рогатого скота казахской белоголовой породы и разработки для них генетических маркеров.